Le prime notizie relative a una biblioteca Classense risalgono al 1230, come raccolta di volumi del monastero dei Camaldolesi, un ramo dell’ordine benedettino, nella la basilica di Sant’Apollinare. Il trasferimento in città del 1515 è stato il primo passo per la costituzione di una libreria vera e propria, tuttavia quasi esclusivamente dedicata all’educazione dei monaci.
Il primo chiostro, il cui lato senza colonne è quasi interamente occupato dalla facciata barocca di Giuseppe Antonio Soratini (1682-1762), presenta al pian terreno il refettorio dei monaci, denominato poi Sala Dantesca, a cui si può accedere attraverso una splendida porta intagliata nel 1581 da Marco Peruzzi, all’interno si possono ammirare ancora oggi alcune opere degli allievi di Luca Longhi e in fondo alla sala si impone il grande dipinto dello stesso Longhi, raffigurante le Nozze di Cana.
Tra il 1611 e il 1620 viene edificato il secondo chiostro, più ampio e luminoso del primo, su progetto dell’architetto Giulio Morelli. Proprio in questo periodo sono stati avviati il decollo culturale del monastero e quell’enorme sviluppo della libreria che hanno visto come artefice principale l’abate Pietro Canneti (1659 – 1730). Un uomo di vastissima erudizione, a cui si deve l’acquisto alla Classense di opere di pregio che hanno trasformato questa struttura in una grande realtà bibliografica. Un vanto per la vita culturale della città che si distaccava finalmente dalle sue modeste origini. Il vertiginoso incremento del patrimonio bibliografico ha determinato un ampliamento dell’edifico: all’inizio del Settecento viene costruita l’Aula Magna, gioiello dell’arte barocca nella sua eleganza, tra il 1764 e il 1782 vengono poi realizzate altre tre sale, tra cui la Sala delle Scienze, disegnata da Camillo Morigia (1743 – 1795) e destinata ai volumi scientifici. Nel 1797 viene inoltre elevato tutto il lato sud-ovest e vengono aggiunte altre sale di archiviazione. Alla soppressione napoleonica dei monasteri dell’anno successivo, il complesso viene assegnato al Municipio. Nel 1803, la Biblioteca è divenuta istituzione comunale, contenente tutti i fondi librari degli altri conventi cittadini oramai soppressi.